實驗室洗瓶機通常會采用多階段清洗。為了達到好的洗滌效果，洗瓶機在前階段會使用酸性洗劑、堿性洗液等進行沖洗。zui后階段則必須使用純水進行清洗。zui后的清洗用水通常應使用不大于30μS/cm的純水進行多次沖洗，*去除前階段殘留清洗液以及殘留污染物。一般使用洗瓶機的用戶，尤其要求較高的藥廠，通常會選擇使用反滲透，即RO純水作為洗瓶機用水。使用RO水可以zui大限度降低清洗成本。另外過于純的水，如二級水或超純水反而不適合使洗瓶機使用，因為電導率小于1μS/cm的水溶解能力非常好，在加熱以及超聲波的條件下，對洗瓶機有一定的腐蝕作用，會減少設備的使用壽命。一個完整的清洗程序通常會用水數百升，為保證工作的率，選擇一個產水量適合的RO產水設備是至關重要的。

　　同時，為了滿足GMP等要求，很多藥廠選擇使用進口洗瓶機，并建立了包括操作規程、驗證方案在內的整套文件。在關注實驗室洗瓶機的同時，配套的純水機的重要性也隨之升高。