1.裝柱

　　柱子下的活塞避免使用潤滑劑，以免被淋洗劑帶到產品中。干法和濕法裝柱區別較小，只要能把柱子裝實即可。裝柱前應仔細觀察固相萃取柱是否開裂，避免影響分離效果，裝柱應該要適度緊密（太緊密淋洗劑流速太慢，太疏松淋洗劑流速過快）、均勻（避免樣品從一側斜著流出），避免過柱時出現大量的氣泡。

　　2.加樣

　　用少量的溶劑溶樣品加樣，打開活塞，待溶劑層下降至石英砂面時，再加少量的低極性溶劑，然后再打開活塞，如此三次，一般石英變成白色。加入淋洗劑后不可立即加壓，等溶樣品的溶劑和樣品層有分開2-4cm，再加壓，這樣可以避免溶劑夾帶樣品快速下行。

　　3.樣品的收集

　　用硅膠作固定相過柱子的原理是一個吸附與解吸的平衡過程。如果樣品與硅膠的吸附較強，樣品解析較慢。這樣就會出現后面的點先出，而前面的點后出的現象，這時可以采用氧化鋁作固定相。另外，收集的試管大小要以樣品量而定，特別是小量樣品，如果用大試管，可能一根就收到了多個樣品，如果都用小試管，缺點是工作量太大。

　　4.后處理

　　偶氮萃取柱分離后，由于使用了大量的溶劑，其中的雜質也會積累到所需組分中，必要時進行重結晶。另外，過柱時有時會出現氣泡，這可能存在兩種原因：這與使用的溶劑類型有關，如果是易揮發的溶劑，如二氯甲烷等，在室溫稍高的情況下，很容易出現這種現象。因此，在室溫高的時候，應該選擇沸點較高，揮發性相對小的溶劑。

　　偶氮萃取柱的清洗：

　　以5ml適當極性的溶劑洗脫吸附樣品的萃取柱（常用的有純水,緩沖液,水/有機溶劑混合液）；

　　以5ml適當非極性的溶劑洗脫吸附樣品的萃取柱；

　　以5ml去離子水/或低離子強度的緩沖液淋洗萃取柱。